¡Las 23 misiones de Destruction of All Humans! tener lugar en seis niveles centrales. El jugador tiene un área limitada para atravesar al principio, pero cuando se completa una misión, el jugador tiene acceso a más del nivel.
Mientras está en una misión, el jugador solo puede permanecer en su área. Si un jugador elige moverse libremente en lugar de asumir una misión, puede acceder a cada parte de ese mapa.
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| Número de misión | Nombre de la misión | Ubicación de la misión |
| 1 | Tierra de destino | Granja de nabos |
| 2 | Las mujeres de la tierra son deliciosas | Rockwell |
| 3 | Cripto ciudadano | Rockwell |
| 4 | Fiesta en la piscina alienígena | Santa Modesta |
| 5 | Televisión de la perdición | Santa Modesta |
| 6 | Los extraterrestres robaron mi tronco cerebral | Santa Modesta |
| 7 | Los suburbios de esta isla | Santa Modesta |
| 8 | Zombis adolescentes del espacio exterior | Rockwell |
| 9 | Sur por suroeste | Santa Modesta |
| 10 | Corresponsal en el extranjero | Santa Modesta |
| 11 | Suburbio de los Malditos | Santa Modesta |
| 12 | Lo que sea que pasó con Crypto-136 | Área 42 |
| 13 | La amenaza mutante | Área 42 |
| 14 | las cosas equivocadas | Área 42 |
| 15 | Agachate y cubrete | Área 42 |
| dieciséis | Es un Armagedón maravilloso | Santa Modesta |
| 17 | furón abajo | ciudad de la unión |
| 18 | El Sr. Crypto va a Capitol City | ciudad del capitolio |
| 19 | Armquist contra los furones | ciudad de la unión |
| 20 | El pistolero solitario | ciudad del capitolio |
| 21 | El filibustero Furon | ciudad del capitolio |
| 22 | Desarrollos impactantes | ciudad del capitolio |
| 23 | Ataque del presidente de 50 pies | ciudad del capitolio |
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